Главное отличие — в контексте, в котором употребляются эти слова. Щиколотка и лодыжка — два слова со схожими, практически одинаковыми значениями. Споры по поводу того, чем они друг от друга отличаются, возникают достаточно часто. Так в чём же разница? Слово «лодыжка» произошло от старославянского oldyga, и от него же произошли слова «ладья», «лодка» (Толковый словарь русского языка). Слово «щиколотка», как сказано в словаре П. Я. Чёрных, могло произойти от слова «щикалка», одного из вариантов слова «чикалка» (чикать — бить палкой)...