Если сайт выпал из индекса Яндекса целиком или большая часть страниц пропала из поиска, причина почти всегда одна из пяти: запрет индексации, недоступность сервера, ошибки в ответах страниц, нарушения правил поиска или заражение сайта. Найти её помогает Яндекс Вебмастер: там видно, какие страницы исключены и по какой причине. Ниже — порядок диагностики и действия, которые помогают вернуть страницы в поиск. Сначала отделите выпадение из индекса от падения позиций. Это разные проблемы: в первом случае страниц нет в поиске вообще, во втором они есть, но стоят ниже...

Два окна на одном экране. Слева — Яндекс Вебмастер, «Мониторинг запросов», мой сайт по запросу «SEO продвижение» с регионом Санкт-Петербург: стабильная тройка, как и последние месяцы. Справа — живая выдача по тому же запросу в чистом браузере, без авторизации, с той же геолокацией. На первом экране моего сайта нет. На втором тоже. Он появляется ниже — но не там, где я его оставил. Разница между этими двумя окнами появилась ровно в тот день, когда я включил кампанию в Директе. Первая мысль у любого нормального человека: санкции...