Вкратце ответить на данный вопрос нетрудно, учитывая многолетнюю близость партийного главы Азербайджана к Лаврентию Берия. Как известно, после смерти Сталина в советских верхах развернулась острая борьба за власть, первым этапом которой стало устранение новоиспечённого главы объединённого МВД. Так как, по старой доброй сталинской привычке убирали заодно и всех "приближённых", Мир Джафар Багиров и попал в их число. Так-то оно так, да не совсем. Всё-таки арестовали его аж через три месяца после расстрела Берия, а судили в Азербайджане исключительно "за своё"...