Лимит может задаваться сразу в нескольких местах: на сервере, в настройках сайта и в системе управления. Перед изменением проверьте, какой именно лимит сработал. Иначе можно случайно оставить слишком маленькое значение для рабочих файлов или разрешить загрузку, которая быстро займёт место на сервере...