Выражение это родилось в Царской , когда помещики Зимой устраивали званые обеды, на которых особенно изысканным блюдом считались 'зимние раки'. Считалось даже, что раки по-настоящему вкусны только в тех месяцы, в названии которых присутствует буква 'р', то есть с сентября по апрель. Эта традиция пришла к нам из Франции, где по такому же принципу добывают устриц...
Чай, беглый какой-нибудь, – продолжал Прокоп, – ишь, шельма, смелый какой! не боится, так с подлинным обличьем и едет! вот бы тебя к становому отсюда препроводить – и узнал бы ты, где раки зимуют! (М.Е. Салтыков-Щедрин, "Культурные люди") Почему узнать, где раки зимуют, может означать что-то плохое? Это же, наоборот, познавательно должно быть. Однако мы часто используем эту фразу как угрозу, и длится это не один век. Фразеологизм встречается во многих классических произведениях. Вышеупомянутые "Культурные люди" Михаила Евграфовича - лишь одно из них...