Фильтр должен работать круглосуточно, т.к. основное в нем не губка, а бактерии, которые обживают ваш аквариум с фильтром за несколько недель. Если фильтр выключать, он перестает быть биофильтром. Так же есть вероятность, что с включением, фильтр «выплюнет» грязь обратно. Из своего опыта. Первое время отключал фильтр на ночь. Каждое утро наблюдал, как в воде плавают мелкие частицы грязи. За день фильтр плохо справлялся и каждое утро всё повторялось. Со временем появился запах из аквариума. Перестал выключать на ночь и в течении недели вода просветлела...