С 2015 года материнский (семейный) капитал (МСК) можно использовать для внесения первоначального взноса по ипотеке (ст.1, ФЗ-131 от 23.05.2015). До этого момента МСК можно было расходовать только на погашение долга и процентов по кредиту...

Материнский капитал можно использовать на первоначальный взнос для покупки жилья в кредит, а также для погашения ипотечного кредита: основного долга или процентов. Вы решаете сами. Если ещё только берёте ипотеку, то чем больше первоначальный взнос, тем лучше, поскольку меньше будет основной долг, так что непонятно, зачем вам делить маткапитал...