Вопрос, конечно, в том, как именно считать. В "Русской корпусной грамматике" находим следующую информацию. По данным выборки в 34 тысячи существительных, существительные мужского рода составляют около 46 %, женского рода 41 %, среднего рода — 13 %. (Со ссылкой на работу: Мучник И.П. Грамматические категории глагола и имени в современном русском литературном языке...