Вопрос, конечно, в том, как именно считать. В "Русской корпусной грамматике" находим следующую информацию. По данным выборки в 34 тысячи существительных, существительные мужского рода составляют около 46 %, женского рода 41 %, среднего рода — 13 %. (Со ссылкой на работу: Мучник И.П. Грамматические категории глагола и имени в современном русском литературном языке...

Одна из самых удивительных категорий лингвистики – это грамматический род. Очень, очень странная категория. Вот такое ее определение дано в «Российской энциклопедии»: Род в грамматике — грамматическая категория, свойственная различным частям речи и состоящая в распределении слов и форм по классам, традиционно соотносимым с признаками пола или их отсутствием. «Грамматическая категория» – значит этот признак как-то проявляется в языке: может артикли на него указывают, может окончания. Самое странное то, что слова традиционно соотносятся с признаками пола...