Но если включено десктопное приложение Bitrix24, то при попытке открыть чат всплывает окно с предложением открыть приложение Для отмены этой функции надо зайти в приложение, выбрать раздел «Настройки»...

к сожалению теперь никак, битрикс выпилил такой функционал. просто заводите нового пользователя) а раньше было так: Поговорим о том, как как удалить чат в битрикс 24. всё просто, но не очевидно, для удаления переписки в чате один на один надо в любом из двух аккаунтов участников...