Вы разрешили конфликт слияния, машинально выполнили `git add -u` — и вместе с исправлением подготовили к коммиту посторонние изменения. Git послушно сделал ровно то, что ему велели. В версии 2.56 для такой ситуации появилась отдельная команда: `git add --resolved`. Она выбирает только конфликтовавшие файлы и проверяет, не остались ли в них маркеры конфликта. Это хороший пример всего выпуска. Разработчики Git убирают ловушки из привычных действий, ускоряют обработку больших историй и дают серверам больше свободы в хранении объектов...