В строке «Выполнить» набери команду certmgr.msc. Найди не нужный сертификат, кликни по сертификату правой кнопкой и подтверди удаление. Каталог с сертификатами. В диспетчере сертификатов - certmgr.msc Удалить сертификат ЭЦП можно и через Крипто Про вкладка «Сервис», нажми кнопку «Удалить» и «Обзор»...