Чтобы убрать index.php из URL сайта на 1С-Битрикс, нужно решить две задачи: перестать генерировать такие ссылки внутри сайта и перенаправить старые внешние адреса на основной вариант. Если выполнить только редирект, система продолжит создавать лишние переходы; если исправить только ссылки, дубль останется доступным. Перед работой выберите единый формат, обычно адрес раздела со завершающим слешем: /catalog/ вместо /catalog/index.php. Просканируйте внутренние ссылки, sitemap, меню, хлебные крошки, шаблоны компонентов, письма и внешние отчёты...