Нео создал видеоигру о собственном освобождении из Матрицы, а теперь пьет синие таблетки и обсуждает ее сюжет с психотерапевтом. Рядом живет Тринити, только зовут ее Тиффани, и у нее есть семья. Все, что когда-то помогло героям победить машины, теперь помогает удерживать их в плену. Чтобы понять замысел Аналитика и финальный полет Тринити, придется вспомнить, что стало с миром после победы над Смитом. За время отсутствия Нео изменились и люди, и их противники. В финале «Революции» Нео заключил с машинами сделку: уничтожение захватившего Матрицу Смита в обмен на мир...