Военачальник - командир какого-либо воинского соединения.
Основная гипотеза образования данного слова состоит в том, что "военачальник" образовано не от слова "военный", а от устаревшего "вой" (воин, боец)...
Бывает такое, что в слове, которое вы написали, казалось бы, по всем правилам, ошибка.
Например:
название терапии ароматами должно быть вроде бы «ароматотерапией», но нет, правильно – ароматерапия;
военный начальник = военноначальник, но нет, правильно – военачальник...