Даже сокращенные варианты предлагают разные: Софья – это, мол, Соня, а София – это Софа. Имя это этимологически, конечно, одно. Известно, что в окончании – ия было краткое [и], которое в литературной форме перешло в полноценный звук [и], а в разговорном сократилось еще больше до звука [j] (он не пишется, но предполагается в некоторых гласных). Такое происходит во многих именах, но нигде нет такого противоборства, как между Софьей и Софией: Наталья и Наталия, Мария и Марья, даже Анастасия и Настасья...

Если речь идёт о Прему́дрости Божьей, то Софи́я, ударение ставится на букву И, а если человеческое имя, то Сóфия, ударение на О. Например, храм Софи́и Прему́дрости Божьей в Константинополе. И святые мученицы Вера, Надежда, Любовь и мать их Сóфия.