По правилам словообразования существительное «завкафедрой» пишется слитно. Но в определенных ситуациях вариант с точкой тоже допустим. «Завкафедрой» — сложносокращенное слово. По правилам словообразования первые части сложных слов на «зав», «зам» указывают на слитное написание. Его же фиксируют орфографические и толковые словари: там дается только один допустимый вариант — «завкафедрой». Это раз. Два — форма с точкой все-таки использоваться может. Просто тут, как обычно, все решает контекст. Завкафедрой — это заведующий кафедрой...

И «управляющий магазина» тоже мифический персонаж. Потому что «управляющий» и «заведующий» используются с существительными в творительном падеже. Это вполне логично, если вспомнить о том, что эти слова – субстантивированные (то есть перешедшие в разряд существительных) причастия. Ну а причастия – это формы глаголов, поэтому запоминаем по глаголу. Управлять...