На самом деле, оба варианта правильные, но есть разница в употреблении. Жизнь ужасно переменчива. Вот человек плывёт на роскошном лайнере, и он "at sea" – в море, но не внутри него. Здесь "at" переводится "рядом", "около". А потом налетает лёгкий ветерок, или судно сталкивается с айсбергом, и человек оказывается "in the sea", то есть теперь уже точно – "внутри моря" (в воде)...