При оплате больничного не важно работает человек по совместительству или по основному месту работы. Главное другое – сколько мест работы на момент наступления страхового случая (т.е. на момент получения листка нетрудоспособности). Поэтому, если человек работает только по совместительству (например, изначально было два места работы, с основного он уволился, а по совместительству ничего менять не стал, поэтому одно совместительство и осталось), то никакого принципиального отличия в оплате больничного не будет...