Назван по расположению в верховьях реки Яна. Первоначальное название Верхоянский острог. В 1817 году с получением статуса города закрепилось название «Верхоянск». Название реки Яна или Янга известен русским землепроходцам с 1638 года. Образован из эвенкского йэнэ, йэн(г)э — «очень большая река». Иногда возникновение гидронима связывают с наименованием юкагирского рода янга, который кочевал по этой реке ещё в 17-м веке, но, по мнению Евгения Поспелова, более вероятно образование родового названия по местности проживания...