Если вкратце, то файловая система - всего лишь последовательность секторов, определяющая порядок организации хранения файлов. Начнём с того, что файловая система находится на разделе (partition), который в терминах Microsoft почему-то называется "логическим диском". Раздел находится на диске. А как размечается диск? Диск тоже - всего лишь последовательность секторов. А организация разделов прописывается в заголовке и зависит от типа разбиения диска. Сейчас существует два вида разбиения диска: старый...

Структура файловых систем в Linux следует определенным правилам, которые пытались рационализировать с помощью стандарта Filesystem Hierarchy Standart ( Почитать про него можно здесь). Правда некоторые системные администраторы, видя свою логику устройства ФС, пытаются "улучшить" структуру, принятую по умолчанию. Но, так как файловое дерево имеет большое количество скрытых зависимостей, то такие попытки изменений приносят еще больше проблем. Поэтому лучше не делать таких преобразований, чтобы не было...