Несмотря на то что обе команды звучат так, будто вы выполняете обновление apt, эффект у них разный. apt-update обновляет только базу данных пакетов. К примеру, если у вас установлен XYZ пакет версии 1.3, после apt-обновления база данных будет знать, что доступна более новая версия 1...