Начнем с главного: лингвистическая истина гласит, что наше выражение чаще всего выступает в роли обычного наречного сочетания. А теперь переведем на человеческий. Это значит, что оно отвечает на вопрос «как?» или «в какой степени?» и тесно связано со сказуемым. Когда мы говорим «по большому счету», подразумевая «в общем и целом» или «по сути», рука так и тянется поставить запятую, как при вводном слове. Но вот тут-то собака и зарыта! В большинстве случаев запятая здесь абсолютно лишняя, как зонтик в пустыне. Представьте ситуацию: вы объясняете боссу, почему проект «завис». Говорите: «По большому счету мы уже закончили»...