Сразу скажем – это классическая неисправность данного продукта, а именно SQLite, которая при высокой нагрузке перестает справляться с потоком ввода-вывода, что приводит к повреждению структуры СУБД. Несмотря на грозное предупреждение, сам физический диск обычно исправен, но все равно выполните его проверку, чтобы исключить возможного виновника, также сразу убедитесь, что на диске достаточно места. Начнем от простого к сложному, во многих случаях достаточно просто сделать сжатие базы, а дальше SQLite сам исправит ошибки...