Действительно, возможны оба варианта, но употребляются они в совершенно разных ситуациях. In the end имеет значение «в конце концов», «в конечном счёте», «наконец (в значении «в конце концов»)», например: In the end, we managed to pass the exam – В конечном счёте нам удалось сдать экзамен I’m sure we’ll pass the exam in the end – Уверен, что в конце концов мы сдадим экзамен Заметим также, что у выражения in the end есть очень хороший синоним – eventually [ɪˈventʃuəli]. Означает то же самое – «в конечном счёте», «в конце концов»...