Еще М. В. Ломоносов высказал гениальную догадку о строении вещества и развил атомистическое учение Демокрита. В дальнейшем было установлено, что в различных телах атомы объединяются в разнообразные группы - молекулы. Значит молекула - это группа связанных атомов различных химических элементов. Атомов существует ограниченное количество (109-110). Но соединяясь друг с другом в самых разных вариантах, они и создают то бесконечно разнообразное количество различных природных объектов окружающего нас мира...

Раньше, в те времена, когда знаний о внутреннем строении вещества было маловато, никаких различий между молекулами не замечали. Молекула была молекулой, в понимании мельчайшей частицы вещества. Но сейчас уже есть хорошее понимание того, что дело в общем-то обстоит не совсем так...