Любопытно, что слово "малый" в русском языке означает не только "небольшой" или "младший", но еще и "изначальный".
Если в случае с Малороссией еще есть сомнения, что имеется в виду именно "изначальная Россия" (скорее всего, там по другим причинам появилось разделение на Малую и Великую России), то в случае с выражением "малая родина" совершенно точно имеется в виду "изначальная родина"...