Барон родился 2 (14) марта 1858 года в городе Ревель (современный Таллин), Российская империя. После смерти отца семья Эдуарда перебралась в город Дерпт (современный Тарту). Эдуард поступил в Императорский Дерптский университет на естественно-исторический факультет, в котором он изучал минералогию, геогнозию, ботанику, зоологию и медицину. Успешно закончив университет - он стал реализовывать свою детскую мечту. - о путешествиях и изучении дальних стран. Первая его экспедиция проходила у берегов Северной Африки...