Уехав из родной Москвы в Соловецкий монастырь, Филипп прошел путь от инока до игумена. Иоанн Грозный, знавший его с юности и уважавший за благочестие, вызвал Филиппа в столицу, чтобы поставить митрополитом. Святитель через силу согласился, настаивая при этом на отмене опричнины. Сначала царь смягчился, но ненадолго… Увещевания не помогали и митрополит пошел на открытый конфликт. Во время богослужения в Успенском соборе он трижды публично проигнорировал царя, желающего взять благословение, обвиняя его в жестокости...

После мученической кончины святителя Филиппа († 23 декабря 1569 года) тело его было погребено в Отроче монастыре, в Твери. Иноки Соловецкой обители, где он прежде был игуменом, испросили в 1591 году позволение перенести его мощи в свой монастырь. Многострадальное нетленное тело было положено в могилу, приготовленную епископом Филиппом для себя еще при жизни, под папертью храма преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, около гроба старца Ионы (Шамина), любимого наставника его в монашеских подвигах...