20 ноября 2009 года, почти 14 лет назад, в храме был жестоко убит священник Русской Православной Церкви Даниил Сысоев. С ним решили расправиться радикальные исламисты, которые посчитали его лекции оскорбительными. После известия о трагедии Патриарх Кирилл отметил, что отец Даниил был человеком, который много сделал для утверждения Божией правды. Ещё в юном возрасте, будучи воспитанником Московской духовной семинарии, отец Даниил был проникнут глубочайшим убеждением, что только Православие несёт в себе спасительную истину...

19 ноября 2009 года популярный священник и православный апологет Даниил Сысоев служил в Храме апостола Фомы на Кантемировской. В церковь зашел человек в маске и выстрелил в священника несколько раз. На следующий день Даниил Сысоев скончался в больнице. Есть некоторые проблемы с идентификацией убийцы. Очевидцы говорили, что он был нерусской внешности. В начале декабря того же года представитель СК Владимир Маркин заявил, что в Махачкале правоохранители убили уроженца Киргизии Бексултана Карыбекова - у него обнаружили пистолет, из которого преступник убил Сысоева...