20 ноября 2009 года, почти 14 лет назад, в храме был жестоко убит священник Русской Православной Церкви Даниил Сысоев. С ним решили расправиться радикальные исламисты, которые посчитали его лекции оскорбительными. После известия о трагедии Патриарх Кирилл отметил, что отец Даниил был человеком, который много сделал для утверждения Божией правды. Ещё в юном возрасте, будучи воспитанником Московской духовной семинарии, отец Даниил был проникнут глубочайшим убеждением, что только Православие несёт в себе спасительную истину...

Отец Даниил Сысоев – один из наших удивительных современников. Он был настоятелем храма св. апостола Фомы в Москве, близ метро Кантемировская. Как и многие священники в наши дни, сам организовал строительство этого храма. Собрал общину прихожан. Но главное – отец Даниил был выдающимся миссионером. Блестяще зная Священное Писание, он смело и честно полемизировал с представителями других вер и конфессий: мусульманами, протестантами, сектантами. Многих привел в Церковь. Побежденные оппоненты не всегда принимали это мирно...