Сюжет игры Ghost of Tsushima начинается в 1247 году, когда остров подвергается вторжению монгольских войск под командованием Хотун-хана. Главный герой, Дзин Сакай, самурай из клана Симура, вступает в последнюю отчаянную битву с захватчиками. Однако он и его соратники сталкиваются с разгромом, и Дзин, раненный и потерявший сознание, спасается благодаря помощи Юны – молодой женщины, владеющей луком. Пробудившись, Дзин узнает, что его дядю, лидера клана, взяли в плен монголы, а остров Цусима оказался под полным контролем захватчиков...