Краткое содержание игры: Сюжет игры начинается непосредственно после окончания событий Revelations. В настоящем времени Дезмонд, его отец Уильям, Ребекка Крэйн и Шон Гастингс находят величественный Храм в пещере неподалёку от Нью-Йорка. С помощью «Яблока» Дезмонд активизирует большую часть оборудования, а также таймер, указывающий на важное событие 21 декабря 2012 года. Для того чтобы открыть путь к спасению мира, нужен ключ и четыре источника энергии. Один источник был найден в храме, а местоположение оставшихся трёх неизвестно...

После выхода обширного сюжетного дополнения, в котором закончились приключения ассасина Эцио Аудиторе, прошел год и в 2012 году, поступила в продажу полноценная третья часть. Как и в предыдущих играх, действие игры происходит в двух временных линиях, в настоящем, а так же в прошлом. Главным героем сюжетной ветки в настоящем так же является Дезмонд Майлз, а вот уже в прошлом, доступны два играбельных персонажа, Хэйтем Кенуэй и его внебрачный сын от индианки по имени Коннор, при этом папаша является тамплиером, а его сынок является ассасином...