Первая часть: Игра является сюжетным приквелом к "Тени Чернобыля" и происходит осенью 2011 года. Наёмник-одиночка по кличке Шрам ведёт группу учёных через Болота. В этот момент происходит внеплановый и заставший группу врасплох выброс, который прогнозировался не ранее чем через два месяца. Укрыться от него группа не успевает. Спустя несколько дней Шрам приходит в себя на базе группировки, известной как "Чистое небо", и говорит с её лидером - Лебедевым. Группировка старается держаться обособленно, занимается изучением Зоны и ищет способ мирного сосуществования с ней...

«Чистое Небо» — сюжет игры Как мы знаем, игра «Сталкер — Чистое Небо» является приквелом или прологом. То есть события игры «Чистое Небо» происходят раньше событий игры «Тень Чернобыля». В начальном ролике наёмник Шрам ведёт группу учённых по окрестностям зоны. Внезапно начинается выброс, Шрам чудом остаётся в живых. Очнувшись после обморока протагонист разговаривает с лидером группировки «Чистое Небо» — Лебедевым. Лебедев выдвигает предположение о случившемся, однако приходит экстренное сообщение о штурме ближайшего форпоста группировки...