Сюжет игры The Last of Us 2 является продолжением первой части. Джоэл спасает Элли от цикад, и они возвращаются в Джексон. С тех пор проходит четыре года. Город разросся, а Элли повзрослела. В ее жизни появляются друзья и первая любовь. Но отношения с Джоэлом по какой-то причине стали натянутыми. По ходу сюжета игрок узнает причину размолвки главных героев прошлой части. Поначалу сюжет может показаться плоским и в значительной мере уступающим предыдущей части. С одной стороны вся суть странствий Элли это месть...

Великолепная моральная двусмысленность игры - одна из её лучших особенностей.