Действие происходит до событий оригинальной игры "Сталкер: Тень Чернобыля". Почти все локации те же самые, но теперь на них разворачиваются военные действия между группировками, добывать артефакты сложнее, а сражаться с монстрами и врагами — сложнее. Опытный сталкер-наёмник Шрам вел группу из трёх учёных через болота. Вначале на пути им попалась стая различных мутантов, спасающаяся бегством. А затем они увидели и причину этого бегства — необычайно мощный выброс. Все люди из экспедиции неминуемо погибли, но Шраму каким-то чудом удалось выжить...

Привет, сталкеры! В "Сталкере: Чистое Небо" имеется довольно-таки внушительный арсенал. Для борьбы с мутантами разработчиками было предусмотрено обильное количество пушек для расправы с ними. Как и в большинстве других игр в приквеле Сталкера существуют различные пасхалки и секретки...