Фанаты и моддеры вновь делают то, что не делает Nintendo. На этот раз был выпущен новый инструмент, который позволяет любому быстро и легко создавать кастомные уровни в Super Mario 64 и делиться ими с друзьями онлайн. Super Mario Maker 2015 года и её продолжение 2019 года для Switch стали невероятно популярными, позволяя любому создавать и делиться 2D уровнями Mario. Однако с момента выхода Mario Maker 2 многие ждали, что Nintendo разработает и выпустит 3D версию игры, возможно, назвав её Super Mario Maker 3D...

Моддеры начали выпускать первые улучшения для неофициального ПК-порта Super Mario 64. Несмотря на требования Nintendo удалить дистрибутив игры, сообщество продолжает поддерживать проект. Например, можно заменить модель Марио на более высокополигональный аналог из Super Mario Galaxy...