Геймплей основан на строительстве космических станций, кораблей и исследовании космоса с целью найти ресурсы. Доступны расширенные опции для изменения взаимодействия с миром. Игра начинается с выбора миссии или создания мира. Имеется набор встроенных миров и выбор пользовательских разработок. Режимы игры Доступны планеты: Земля, Марс, Чужая планета, Тритон, Пертам. А также их спутники: Луна, Европа, Титан. Опубликованы десятки тысяч чертежей, миссий и модов к игре. Они значительно меняют возможности и механику игры добавляя новую функциональность или изменяя существующую...

Обновление Hostile Encounters впервые добавило в Space Engineers 2 боевых противников под управлением компьютера. На планете Verdure теперь встречаются пираты Renegades и более тяжёлые бойцы Boatmen. Они патрулируют местность, открывают двери, передают союзникам сведения об угрозе и ищут укрытия. Если стену, за которой прячется враг, разрушить, он должен искать новую защиту. По описанию Keen Software House, система рассчитана и на интерьеры, которые игрок построил сам: привычного заранее подготовленного коридора здесь может просто не оказаться...