В Скайриме AE были добавлены новые стрелы. В частности - стрела похищения души.
При нанесении ею смертельного удара такая стрела превращается в камень душ, заполненный душой жертвы.
Поэтому, когда вам понадобятся черные камни душ, берите лук и стрелы и ступайте в бандитское логово, или к некромантам, или к другим гуманоидам с черной душой...