Первая часть: Игра является сюжетным приквелом к "Тени Чернобыля" и происходит осенью 2011 года. Наёмник-одиночка по кличке Шрам ведёт группу учёных через Болота. В этот момент происходит внеплановый и заставший группу врасплох выброс, который прогнозировался не ранее чем через два месяца. Укрыться от него группа не успевает. Спустя несколько дней Шрам приходит в себя на базе группировки, известной как "Чистое небо", и говорит с её лидером - Лебедевым. Группировка старается держаться обособленно, занимается изучением Зоны и ищет способ мирного сосуществования с ней...

— Можно ли уже сейчас сказать, что Чистое небо более оптимизированная игра, чем Тень Чернобыля? — Да, безусловно, игра оптимизирована намного лучше первой части. Очень оптимизирована симуляция жизни, графика… Системные требования в принципе остались на том же уровне. *** Это судьба S.T.A.L.K.E.R. — с выходом каждой части в серии вызывать резонанс в обществе диаметрально противоположными мнениями и высказываниями. И, к сожалению, среди множества причин этого явления выделяется техническая часть проекта...