После поражения Шиннока от рук Кэсси Кейдж в Mortal Kombat 11 темный Рейден планирует защищать Земное Царство, уничтожая всех возможных врагов. Но таинственная женщина по имени Кроника, также известная как «Хранительница времени», пытается навести порядок во Вселенной любыми силами, в том числе и избавившись от Райдэна за вмешательство в события прошлого, как это показано в Mortal Kombat 2011, которые нарушили баланс между добром и злом. Прошло два года после окончания событий последней части....

После событий Mortal Kombat X Рейден переходит на тёмную сторону. Он обезглавливает Шиннока и решает раз и навсегда покончить с угрозой для Земного царства. Кроника — Хранительница Времени и мать Шиннока — решает вмешаться. Она хочет переписать историю и стереть Рейдена из существования, так как его действия нарушили баланс времени. Кроника почти завершает свой ритуал в Песках Времени. Её главным защитником становится тёмный Лю Кан, поглотивший душу своего молодого клона...