Новым симбионтам приходится иметь дело с ксенофагами, которые вроде бы похожи на симбиотов, но на самом деле являются разными монстрами, питающимися симбиотами. Они происходят от Нулла, правителя родной планеты Венома - Клинтара - и бога симбиотов. Несмотря на то, что ксенофаги пожирают всех подряд, симбиотов у нас все равно больше, чем можно высунуть язык, так что давайте разберемся, кто есть кто. Когда симбиот с Клинтара объединился с неудачливым журналистом Эдди Броком, они стали настоящим Смертоносным...

Удивительно эмоциональная концовка убедительно подчеркивает судьбу злодеев фильма. В то время как в центре внимания фильма остается титулованное синее пятно и его друзья, последняя часть кинематографической серии о Сонике уделяет большое внимание эмоциональной дуге таких персонажей, как ежик Шэдоу и доктор Роботник. Хотя фильм никогда не пытается скрыть, что эти двое совершают злодейские поступки из корыстных побуждений, персонажи «Соника 3» получили большую глубину и развитие, чем можно было ожидать...