Действие происходит до событий оригинальной игры "Сталкер: Тень Чернобыля". Почти все локации те же самые, но теперь на них разворачиваются военные действия между группировками, добывать артефакты сложнее, а сражаться с монстрами и врагами — сложнее. Опытный сталкер-наёмник Шрам вел группу из трёх учёных через болота. Вначале на пути им попалась стая различных мутантов, спасающаяся бегством. А затем они увидели и причину этого бегства — необычайно мощный выброс. Все люди из экспедиции неминуемо погибли, но Шраму каким-то чудом удалось выжить...

На всех локациях игры S.t.a.l.k.e.r. «Тень Чернобыля» много секретных мест куда Вы еще не заглядывали. Тут мы рассмотрим несколько интересных мест в которых Вы еще не бывали. Когда мы переходим с лаборатории Х16 то попадаем в подземный тоннель. Там есть несколько участков перекрытых решеткой и что за ней неизвестно. Но там оказывается находится труп военного и висячая недействующая аномалия (такая же аномалия только в виде луж есть по всему тоннелю). Такие интересные вещи неизвестно для чего там спрятаны, ведь обычный игрок никогда их не увидит...