История начинается с того места, где остановилась 2-я игра Zombotron . Игрок отремонтировал спасательный челнок, который он нашел на космической базе, и теперь ему нужно только топливо, и он отправляется в путешествие, чтобы его получить. По пути он встречает множество скелетов, зомби и пауков. Вскоре он находит топливо возле колонны автомобилей с охраняющими его биоботами. Он решает подождать некоторое время и посмотреть, уйдут ли они. Однако игрок глубоко ошибается. Вскоре за игроком появляется биобот, который затягивает игрока в газовую комнату и газирует игрока...

Джон Коннор противостоит новому киборгу и техно-апокалипсису. В режиссерском кресле — Джонатан Мостоу Прошло десять лет с тех пор, как Джон Коннор помог предотвратить Судный День и спасти человечество от массового уничтожения. Теперь ему 25, Коннор не живет «как все» - у него нет дома, нет кредитных карт, нет сотового телефона и никакой работы. Его существование нигде не зарегистрировано. Он не может быть прослежен системой Skynet - высокоразвитой сетью машин, которые когда-то попробовали убить его и развязать войну против человечества...