История начинается с того, что происходит ограбление банка Либерти Сити, главная героя игры предает самый близкий ему человек, его девушка. Клойд – главный герой отвозят в больницу, а после госпитализации он направляется в суд, где его должны приговорить к 10 годам заключения. Полицейские машины, которые отвозят Клойда и других заключенных, атакуют прямо на мосту, где собственно и взрывается бомба. При взрыве погибают все люди, сопровождавшие заключенных и сами зеки, остаются лишь два человека – Клойд и неудачный заключенный, с раненной рукой...