В Total War: Rome II большую роль стали играть морские сражения. Так как в сравнении с прошлыми частями серии флот приобрел множество функций. Кроме непосредственно уничтожения вражеского флота, блокирования портов и пиратства на торговых путях, военно-морские силы теперь могут участвовать в совместных боях с сухопутной армией, высаживаться на берег и даже в одиночку, без поддержки с суши брать прибрежные поселения. Технически в игре реализовано 37 видов боевых кораблей, все остальное это просто различные сухопутные юниты, находящиеся там в составе экипажа...

В игре Total War: Rome II впервые в истории серии была введена механика традиций для армий и флотов. Каждая армия и флот теперь имеют свою шкалу опыта. При повышении уровня сухопутные или морские силы могут выбрать одну из нескольких традиций или усовершенствовать ранее выбранную традицию (каждая из них имеет три уровня). Максимальный уровень любой армии или флота составляет 10. Соответственно, для улучшений доступно всего 10 очков, что ограничивает игрока и требует разумного выбора традиций, так как отменить уже приобретенные навыки невозможно...