После краткого обучающего уровня в Италии 1943 года игра начинается в 1945 году, когда несовершеннолетний преступник, ставший героем войны, Вито Скаллета, возвращается домой в Эмпайр-Бэй в нью-йоркском стиле. Скаллетта, сын сицилийских иммигрантов, возвращается и обнаруживает, что, когда его отец умер, он оставил семью с долгом в 2000 долларов, и счет должен быть оплачен. Вито разговаривает со своим другом детства Джо Барбаро, и они оба начинают преступную жизнь, которая переплетает их с тремя доминирующими преступными кланами города: семьей Клементе, Фальконесами и Винчи...