Первая часть: Игра является сюжетным приквелом к "Тени Чернобыля" и происходит осенью 2011 года. Наёмник-одиночка по кличке Шрам ведёт группу учёных через Болота. В этот момент происходит внеплановый и заставший группу врасплох выброс, который прогнозировался не ранее чем через два месяца. Укрыться от него группа не успевает. Спустя несколько дней Шрам приходит в себя на базе группировки, известной как "Чистое небо", и говорит с её лидером - Лебедевым. Группировка старается держаться обособленно, занимается изучением Зоны и ищет способ мирного сосуществования с ней...

Предыдущая часть: Шрам не понимал в каком месте он очнулся, и жив ли ли он вообще? Помещение было наполнено людьми, и все они были без сознания. Напротив него сидел Стрелок, которого наёмник некогда считал своим врагом. Он смотрел куда то вверх, и часто моргал веками. Над головой Шрама, куда завороженным, блаженным взглядом смотрел Стрелок светилось что то яркое, и напоминало свет от домашнего телевизора, светящегося в вечерней тёмной комнате. Такое свечение исходило по всему помещению, и все заворожено смотрели туда...