Первая часть: Игра является сюжетным приквелом к "Тени Чернобыля" и происходит осенью 2011 года. Наёмник-одиночка по кличке Шрам ведёт группу учёных через Болота. В этот момент происходит внеплановый и заставший группу врасплох выброс, который прогнозировался не ранее чем через два месяца. Укрыться от него группа не успевает. Спустя несколько дней Шрам приходит в себя на базе группировки, известной как "Чистое небо", и говорит с её лидером - Лебедевым. Группировка старается держаться обособленно, занимается изучением Зоны и ищет способ мирного сосуществования с ней...

Игорь Срибный - Егеря собираются! – негромко сказал Муса, оторвав глаз от прицела своей винтовки.      - Они пойдут в пещеру! – уверенно сказал Ваха. – Туда, где побывали ламы.      - Почему так думаешь? – спросил его Ризван. – Они с таким же успехом могут пойти и в шахту.      Ваха Османов отрицательно покачал головой.      - Нет, Ризван, они пойдут туда, откуда пришли ламы. И пришли с такими знаниями, что им пришлось заплатить за них своими жизнями. И мы пойдём туда, но только с южной стороны...