Основной сюжет Скайрима крутится вокруг возвращения драконов. Но все это развивается на фоне гражданской войны между Империей и восставшими Братьями бури, под предводительством ярла Виндхельма Ульфрика Буревестника. Скайрим разделен на две части. Запад, с городами Солитьюд, Морфол, Маркарт и Фолкрит, поддерживают Империю. Восток, с городами Виндхельм, Данстар, Винтерхолд и Рифтен, Братьев Бури. Нейтральным остается Вайтран, расположенный в центре Скайрима. Истоки гражданской войны следует искать 30 лет назад...

С самого начала игры персонажа знакомят с двумя сторонами локального конфликта в Скайриме: Братьями Бури и Имперскими войсками. Игроки выбирают одну из сторон, исходя из идеологических соображений или просто основываясь на случайном выборе. В играх часто можно встретить разветвлённые глобальные сюжетные линии в двух направлениях, и различные концовки, которые равносильны между собой и призваны создать ощущение, что от игрока что-то зависит. Но в рассматриваемой игре стороны не равносильны и в ней было найдено указание на то, кто победит...