Предыстория После событий первой части игры прошло уже около 20 лет. После того, как Нихилант был уничтожен учёным в очках и защитном костюме, по всей планете начались портальные штормы. Из-за них многие существа мира Зен попали на Землю. Вся эта ситуация привлекла внимание Совета некоего межгалактического Альянса, и спустя некоторое время его войска вторглись на Землю. Человечество не было готово к такому разрыву в военных силах, и пало спустя 7 часов после начала войны. Уоллес Брин, бывший директор Чёрной Мезы, убедил людей сдаться, получив покровительство Совета...

Одна из самых интересных вещей в серии Half-Life заключается в том, что ее герой, Гордон Фримен, был постепенно затмен своим вспомогательным персонажем. Барни Калхун из Blue Shift. Адриан Шепард из «Противостоящей силы». Аликс Вэнс даже получила собственную игру в 2020 году, еще больше вытеснив Фримена из центра внимания. В 2022 году мод для Half-Life 2 дал еще одному персонажу второго плана день под солнцем. В игре Entropy: Zero 2 не содержит ни одного из героев Half-Life, а посвящена приключениям одного из злодеев, солдата Combine Elite...